El 19 de enero de 2016 se inaugura el proyecto de la Universidad de El Salvador en Línea - Educación a Distancia, con apoyo del Ministerio de Educación (MINED) y asesoría de la Universidad Estatal a Distancia de Costa Rica (UNED).

El gobierno realiza una inversión aproximada de $ 4.3 millones en el año 2015, provenientes del presupuesto del Ministerio de Educación (MINED), para la remodelación de sedes y compra de equipo.

Inicia bajo modalidad a distancia, impartiendo cuatro carreras: la Licenciatura en Enseñanza de la Matemática, Licenciatura en Enseñanza de las Ciencias Naturales, Licenciatura en Enseñanza del Idioma Inglés y Licenciatura en Informática Educativa.

En infraestructura, el proyecto inicia con 16 sedes para cubrir todo el territorio nacional: las 4 sedes de la UES (Campus Central, Facultad Multidisciplinaria Paracentral, Facultad Multidisciplinaria Oriental y Facultad Multidisciplinaria de Occidente) y el resto son instalaciones del Ministerio de Educación; las cuales sirven para que los estudiantes inscritos en esta modalidad realicen sus procesos académicos, exámenes, tutorías, videoconferencias y prácticas de laboratorio. Cada sede cuenta con un administrador de sede, quien asiste a los estudiantes en los procesos administrativos.

En 2017 también se invierten 5 millones en el proyecto, monto dedicado mayormente al financiamiento de tutores, mejora en la infraestructura de las sedes, y para el seguimiento al desarrollo estudiantil. Para ese mismo año, se implementan tres nuevas carreras: Ingeniería de Sistemas Informáticos, Ingeniería Industrial y Licenciatura en Mercadeo Internacional; introduciendo con dichas carreras la modalidad en línea.

Para 2018 se implementa la carrera de Ingeniería Agroindustrial, convirtiéndose en la octava y más reciente oferta académica. También, se agrega una nueva sede en Usulután, el Instituto Nacional Nueva Esperanza del Bajo Lempa; y dos subsedes en Chalatenango: el Instituto Nacional Nombre de Jesús y el Instituto Nacional de San Ignacio.

En 2018 el proyecto cuenta con 17 sedes y 2 subsedes para atender a la población en todo el territorio nacional.

En 2019, la pandemia por el SRAS-CoV-2 (COVID-19), generó problemas socioeconómicos a nivel mundial llevando al confinamiento de los ciudadanos y la recomposición del desarrollo económico, social y educativo (desde el nivel básico hasta el superior). La mayor casa de estudio también se vio afectada con el desarrollo del ciclo I-2020 que ya había iniciado, todas las carreras de Licenciaturas, Maestrías y Doctorados cambiaron su modalidad de estudio de presencial a virtual.

La experiencia en el desarrollo de las clases fue la base para que éstas no se detuvieran más tiempo. Y se trascendió totalmente a la modalidad de enseñanza en Línea (incluyendo las carreras de la modalidad a Distancia).

Por Acuerdo No. 60-2019-2021 (VI-1) del Consejo Superior Universitario, tomado el 15 de julio de 2021, se reestructura el Programa, cambiando su nombre a “Educación en Línea” y se aprueba reubicar las 12 sedes MINED-UES en las 8 sedes de las Facultades que administran el Programa (las 5 Facultades que imparten carreras en Línea en la Sede Central y las 3 Facultades Multidisciplinarias).

Actualmente, el proyecto cuenta con la Sede Central y las Facultades Multidisciplinarias de Oriente, Paracentral y Occidente para atender a la población en todo el territorio nacional. También, posee oferta académica de nueve carreras, y una planta docente altamente capacitada en formación virtual y dotada con equipo tecnológico para atender a la población estudiantil de la modalidad.

En el año 2021, las autoridades de la UES trabajan en la creación de una sede en Chalatenango, Morazán, La Unión, Ahuachapán y Usulután; las cuales también se convertirían en sedes donde se impartirían las carreras de la modalidad en Línea.

Después de cinco años de iniciado el proyecto, en 2020 egresan los primeros estudiantes de la modalidad a Distancia (de las 4 carreras con las que se apertura la modalidad), y en 2021 se gradúan los primeros profesionales de las carreras en Línea que oferta la UES.